La Sala capitolare (sec. XIV) Primo ambiente dell'allestimeto museale, è il luogo in cui si riuniva il collegio dei frati (il capitolo).
La sacrestia Ambiente tardo-medioevale con soffitto a cassettoni, modificato nel 1713 con l'aggiunta di grandi armadi per le reliquie.
La quadreria Originariamente stanza di collegamento tra la sacrestia e la chiesa è oggi adibita a quadreria.
La chiesa di San Francesco Rappresenta l'edificio di maggior importanza dell'intero complesso conventuale di San Francesco di Cassine.